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除通过成人感染的途径外，最特殊是儿童可经垂直传播被感染。这种传播更易造成慢性感染，却很少引起急性有症状的肝炎。如果母亲HBsAg和HBeAg均阳性，其新生儿HBV感染率为85%～90%。即使母亲HBeAg阴性，新生儿仍可能被感染。绝大多数感染发生在母亲为慢性感染者的情况下，但如果母亲在怀孕7～9个月或是临产时感染HBV，婴儿也可能会被感染。
尽管已从母乳中分离出了HBsAg，但是母乳喂养和人工喂养的婴儿感染率相似。所以，有学者认为，对围产期内有被感染危险的婴儿除了接受免疫接种外，仍建议母乳喂养。
经垂直传播感染HBV的儿童对HBV会产生免疫耐受，具体机制还不清楚。尽管这些儿童的病毒特异性T细胞对HBV有反应，但并不清除病毒。在免疫耐受阶段，HBeAg被高浓度表达，由于HBeAg与核心抗原有相同的抗原决定簇，所以在胸腺水平同样也会诱导产生对HBcAg的免疫耐受。慢性感染患者体内的病毒特异性T细胞在水平很低时就可以检测出，在发生HBeAg血清学转换时其效力和特异性增强。
即使在出生时未被感染，儿童在以后与被感染的家族成员和其它人员接触时仍可能被感染。这种方式称为水平传播。确切的感染机制尚未明了，但共用卫生用具如牙刷甚至共嚼口香糖都被认为是危险的行为。对青少年来说，性接触和共用注射针具同样是感染的高危因素。
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